Pelas condições geográficas que lhe oferecem protecção natural, a baía de Armação de Pêra apresenta uma riqueza extraordinária ao nível da biodiversidade, onde se incluem espécies raras, algumas protegidas pela “Rede Natura 2000”, outras identificadas pela primeira vez em Portugal, porquanto dispõe de um dos maiores e mais lindos recifes naturais da nossa costa, situados a cerca de 4 milhas da costa.
Os Recifes de Coral são ecossistemas extremamente antigos, frágeis e muito ricos em biodiversidade. Uma associação simbiótica entre um animal (anémona) e um vegetal fotossintetizante (microalga) fornece a base para as maiores construções já realizadas pela vida no nosso planeta.
A pequena alga fotossintetizante fornece parte do alimento do coral, enquanto recebe protecção e nutrientes do mesmo. Assim, os dois coexistem há milhões de anos, construindo formações que abrigam diversas outras formas de vida e constituem uma verdadeira floresta submarina, com uma beleza rara e uma riqueza de cor, forma e grande variedade de vida verdadeiramente inigualáveis.
Os recifes de Armação de Pêra têm granjeado a curiosidade da comunidade científica, sendo várias as Universidades que desenvolvem actualmente e em parceria com o centro de mergulho local, projectos de investigação científica que estão a ser publicados mundialmente, divulgando a extrema riqueza biológica dos nossos recifes. Por outro lado, é também patente o reconhecimento por parte dos muitos mergulhadores que têm tido o privilégio de usufruir deste mundo fascinante para a grande maioria desconhecido, reportado habitualmente com êxtase, diante de tamanha beleza natural.